CẨM NANG TOÀN DIỆN: HƯỚNG DẪN LẬP TỜ KHAI QUYẾT TOÁN THUẾ TNDN (MẪU 03/TNDN) TRÊN HTKK

(Cập nhật chi tiết theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, Luật số 67/2025/QH15 và các phiên bản nâng cấp HTKK mới nhất)

Lập tờ khai quyết toán thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) cuối năm là nghiệp vụ quan trọng nhất để chốt nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp đối với Nhà nước. Quy trình này đòi hỏi kế toán phải bóc tách chính xác các khoản chênh lệch giữa Luật Kế toán và Luật Thuế.

Dưới đây là hướng dẫn chi tiết từng bước từ khởi tạo hệ thống đến cách điền tất cả các chỉ tiêu trên Tờ khai chính Mẫu số 03/TNDN.

PHẦN I: QUY TRÌNH KHỞI TẠO TỜ KHAI TRÊN HTKK

Để phân hệ tờ khai quyết toán thuế TNDN hiển thị chuẩn xác, kế toán thực hiện tuần tự theo 4 bước sau:

Bước 1: Đăng nhập vào phần mềm HTKK bằng Mã số thuế (MST) của doanh nghiệp cần kê khai.

Bước 2: Truy cập menu Thuế Thu Nhập Doanh Nghiệp $rightarrow$ Chọn Tờ khai Quyết toán TNDN (03/TNDN) (TT80/2021).

Bước 3: Tại bảng cấu hình, chọn đúng Kỳ tính thuế năm, hệ thống sẽ tự động hiển thị mốc thời gian từ ngày 01/01 đến 31/12 của năm quyết toán (hoặc theo năm tài chính riêng của DN). Tích chọn các phụ lục đính kèm bắt buộc (Ưu tiên làm Phụ lục Kết quả kinh doanh 03-1A, Phụ lục chuyển lỗ 03-2/TNDN và Phụ lục ưu đãi 03-3A trước).

Bước 4: Nhấn nút "Đồng ý" để phần mềm tải giao diện tờ khai chính.

PHẦN II: HƯỚNG DẪN CHI TIẾT CÁCH ĐIỀN CÁC CHỈ TIÊU TRÊN TỜ KHAI CHÍNH

1. Nhóm Chỉ tiêu Hành chính & Phân bổ Ngành nghề

Chỉ tiêu [01] - Kỳ tính thuế: Hiển thị mốc thời gian năm dương lịch hoặc năm tài chính của doanh nghiệp. Ngày bắt đầu tính từ ngày 01/01 (hoặc ngày cấp phép trên GPKD đối với doanh nghiệp mới thành lập) đến ngày 31/12 của năm tài chính.

Chỉ tiêu [02], [03] - Loại tờ khai: Mặc định tích chọn ô "Lần đầu". Nếu doanh nghiệp phát hiện sai sót sau khi đã gửi tờ khai gốc và đã được cơ quan thuế gửi thông báo chấp nhận, kế toán bắt buộc phải chọn khai "Bổ sung" theo số thứ tự tăng dần.

Chỉ tiêu [04], [05] - Ngành nghề có tỷ lệ doanh thu cao nhất: Doanh nghiệp mở danh mục chọn đúng ngành nghề cốt lõi mang lại dòng tiền lớn nhất cho công ty.

Công thức tính: Tỷ lệ % [05] = (Doanh thu của ngành nghề cao nhất / Tổng doanh thu trong năm) x 100%. (Ví dụ: Doanh thu Đào tạo kế toán là 8 tỷ trên tổng doanh thu công ty 10 tỷ $rightarrow$ Nhập tỷ lệ 80%). Nếu công ty ngừng hoạt động hoặc không phát sinh doanh thu trong năm, chọn giá trị “Không phát sinh doanh thu” và để tỷ lệ bằng 0%.

Chỉ tiêu [06] đến [10]: Thông tin tên doanh nghiệp, MST công ty hoặc thông tin của Đại lý thuế (nếu doanh nghiệp thuê ngoài dịch vụ đại lý thuế hạch toán).

2. Nhóm Chỉ tiêu Lợi nhuận Kế toán và Các khoản Điều chỉnh tăng (Mục A & B1)

Chỉ tiêu [A1] - Tổng lợi nhuận kế toán trước thuế TNDN: Ô này phần mềm sẽ khóa và tự động tổng hợp số liệu từ các phụ lục kết quả kinh doanh sang: [A1] = Chỉ tiêu [22] trên PL 03-1A + Chỉ tiêu [19] trên PL 03-1B + Chỉ tiêu [90] trên PL 03-1C. Do đó, kế toán bắt buộc phải hoàn thiện số liệu bên tab Phụ lục kết quả kinh doanh trước.

Chỉ tiêu [B1] - Tổng các khoản điều chỉnh tăng lợi nhuận trước thuế: Hệ thống tự động tính theo thuật toán: [B1] = [B2] + [B3] + [B4] + [B5] + [B6] + [B7].

Chỉ tiêu [B2]: Nhập các khoản điều chỉnh làm tăng doanh thu tính thuế do sự khác biệt giữa quy định kế toán và thuế (ví dụ: các khoản giảm trừ doanh thu kế toán chấp nhận nhưng luật thuế loại trừ).

Chỉ tiêu [B3]: Nhập các khoản chi phí liên quan đến việc tạo ra doanh thu đã được tính thuế TNDN ở các năm trước nhưng năm nay mới đủ điều kiện ghi nhận doanh thu trên sổ sách kế toán (bút toán này bổ trợ đối ứng cho chỉ tiêu [B9]).

Chỉ tiêu [B4] - Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế (Trọng tâm thanh tra): Kế toán tự nhập tổng số tiền của toàn bộ các khoản chi phí bị loại trừ theo quy định tại Điều 10 Nghị định 320/2025/NĐ-CP (như tiền phạt chậm nộp thuế, phạt hành chính, chi trang phục quá 5 triệu/năm, chi phúc lợi vượt trần 1 tháng lương, phần khấu hao ô tô dưới 9 chỗ vượt trên 1,6 tỷ đồng, chi phí lãi vay vượt trần 30% EBITDA của DN có giao dịch liên kết...).

Chỉ tiêu [B5]: Số thuế TNDN (hoặc thuế có bản chất tương đương) mà doanh nghiệp đã thực nộp ở nước ngoài đối với phần thu nhập nhận được từ nước ngoài chuyển về. Số liệu tự động lấy từ dòng Tổng cộng cột (4) trên Phụ lục 03-4/TNDN.

Chỉ tiêu [B6] - Điều chỉnh tăng lợi nhuận do xác định giá thị trường đối với giao dịch liên kết: Nhập số tiền ấn định hoặc số tiền chênh lệch do doanh nghiệp tự điều chỉnh giá thị trường của các giao dịch liên kết theo quy định chống chuyển giá.

Chỉ tiêu [B7]: Nhập các khoản điều chỉnh tăng thu nhập trước thuế khác do sự khác biệt giữa sổ sách kế toán và luật thuế chưa được liệt kê từ B2 đến B6.

3. Nhóm Chỉ tiêu Điều chỉnh giảm Thu nhập tính thuế (Mục B8 đến B12)

Chỉ tiêu [B8] - Tổng các khoản điều chỉnh giảm lợi nhuận trước thuế: Hệ thống tự động tính tổng: [B8] = [B9] + [B10] + [B11] + [B12].

Chỉ tiêu [B9]: Nhập các khoản doanh thu đã hạch toán trên Báo cáo kết quả kinh doanh năm nay nhưng thực tế đã được đưa vào tính thuế TNDN ở các năm trước (Ví dụ: Hàng hóa đã xuất hóa đơn tính thuế năm trước nhưng năm nay mới bàn giao nghiệm thu và ghi nhận doanh thu kế toán).

Chỉ tiêu [B10]: Nhập các khoản chi phí trực tiếp (giá vốn, giá thành, chiết khấu thương mại) tạo ra khoản doanh thu điều chỉnh tăng đã hạch toán ở chỉ tiêu [B2].

Chỉ tiêu [B11]: Kê khai phần chi phí lãi vay không được trừ của kỳ trước (phần vượt trần EBITDA) được quyền kết chuyển sang chi phí tính thuế của kỳ này đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

Chỉ tiêu [B12] - Các khoản điều chỉnh làm giảm lợi nhuận trước thuế khác: Nhập các khoản đặc thù như:

Các khoản chi phí trích trước năm trước chưa có hóa đơn (bị loại năm trước), năm nay thực chi có đủ hóa đơn hợp pháp.

Khoản lỗ chênh lệch tỷ giá thực tế phát sinh trong năm đã hạch toán kế toán năm trước nhưng thuế chưa cho trừ do chưa thực hiện.

Phần kết chuyển điều chỉnh giảm đối với TSCĐ xe ô tô dưới 9 chỗ có nguyên giá vượt trên 1,6 tỷ đã trích khấu hao hết theo sổ sách kế toán.

Khoản thu từ cổ tức, lợi nhuận được chia từ hoạt động góp vốn liên doanh, liên kết trong nước hoặc mua cổ phiếu trên thị trường chứng khoán sau khi đơn vị nhận vốn đã hoàn thành nộp thuế TNDN.

Các khoản thu nhập từ lãi trái phiếu Chính phủ, công trái được miễn thuế.

4. Nhóm Chỉ tiêu Xác định Thu nhập chịu thuế và Chuyển lỗ (Mục B13 đến C4)

Chỉ tiêu [B13] - Thu nhập chịu thuế chưa trừ chuyển lỗ: Công thức tự động: [B13] = [A1] + [B1] - [B8].

Chỉ tiêu [B14] - Thu nhập chịu thuế từ hoạt động SXKD thông thường: Số liệu được tính bằng: [B14] = [B13] - [B15]. Nếu công ty không kinh doanh bất động sản ([B15] = 0), kế toán gõ số tiền từ chỉ tiêu [B13] xuống nhập trực tiếp vào chỉ tiêu [B14].

Chỉ tiêu [B15] - Thu nhập chịu thuế từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản: Phần mềm tự động cập nhật số liệu từ Chỉ tiêu [12] trên Phụ lục 03-5/TNDN sang (cho phép sửa).

Chỉ tiêu [C1] - Thu nhập chịu thuế: Phần mềm tự động đồng bộ lấy giá trị bằng đúng chỉ tiêu [B14].

Chỉ tiêu [C2] - Thu nhập được miễn thuế: Kế toán căn cứ vào Điều 4 Nghị định 320/2025/NĐ-CP để nhập tổng số tiền thu nhập miễn thuế. Lưu ý từ phiên bản HTKK 5.5.5 trở đi: Bạn bắt buộc phải click vào dòng chi tiết bên dưới để chọn đúng mã loại thu nhập miễn thuế theo danh mục (chọn nhiều lý do duy nhất), hệ thống sẽ tự động tổng hợp số tiền lên chỉ tiêu [C2] và khóa không cho sửa tay trực tiếp.

Chỉ tiêu [C3] - Tổng số lỗ được giảm trừ: Tự động tính toán: [C3] = [C3a] + [C3b]. Điều kiện kiểm tra: Số lỗ chuyển [C3] bắt buộc phải nhỏ hơn hoặc bằng hiệu số [C1] - [C2] (Không được chuyển lỗ vượt quá số lãi phát sinh).

Chỉ tiêu [C3a] - Số lỗ từ hoạt động SXKD các năm trước chuyển sang: Phần mềm tự động tính toán trích số liệu từ Tổng cột 5 của Phụ lục chuyển lỗ 03-2/TNDN đưa sang.

Chỉ tiêu [C3b] - Số lỗ từ hoạt động chuyển nhượng BĐS trong kỳ bù trừ với lãi SXKD: Cho phép nhập số dương nếu doanh nghiệp có hoạt động chuyển nhượng BĐS bị lỗ ([B15] < 0) muốn cấn trừ vào lãi của hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường.

Chỉ tiêu [C4] - Thu nhập tính thuế: Tự động tính: [C4] = [C1] - [C2] - [C3a] - [C3b]. Nếu kết quả tính toán ra số âm, HTKK sẽ tự động hiển thị giá trị bằng 0 (Doanh nghiệp không phải nộp thuế). Nếu chỉ tiêu [C4] > 0, kế toán tiếp tục hoàn thiện các chỉ tiêu tính thuế bên dưới.

5. Nhóm Chỉ tiêu Trích lập Quỹ và Tính thuế suất, Ưu đãi (Mục C5 đến C17)

Chỉ tiêu [C5] - Số tiền trích lập Quỹ phát triển Khoa học & Công nghệ: Doanh nghiệp được trích lập tối đa 10% giá trị thu nhập tính thuế. Hệ thống khống chế thuật toán: [C5] <= [C4] x 10%. Số liệu đồng bộ từ Chỉ tiêu [05] trên Phụ lục 03-6/TNDN sang.

Chỉ tiêu [C6] - Thu nhập tính thuế sau khi trích lập quỹ KHCN: Tự động tính: [C6] = [C4] - [C5]. Đồng thời bắt buộc phải thỏa mãn nguyên tắc phân bổ khung thuế suất: [C6] = [C7] + [C8].

Chỉ tiêu [C7] - Thu nhập tính thuế áp dụng thuế suất phân tầng (Cập nhật HTKK 5.5.5): Kế toán kích chọn danh mục để chọn đúng khung thuế suất áp dụng của doanh nghiệp mình dựa trên tổng doanh thu năm trước liền kề:

Chọn Thuế suất 15%: Nếu tổng doanh thu năm trước liền kề $le$ 3 tỷ đồng.

Chọn Thuế suất 17%: Nếu tổng doanh thu năm trước liền kề từ trên 3 tỷ đến $le$ 50 tỷ đồng.

Chọn Thuế suất 20%: Nếu tổng doanh thu năm trước liền kề > 50 tỷ đồng.

Sau khi chọn khung thuế suất, kế toán nhập toàn bộ số tiền từ chỉ tiêu [C6] vào đây để phần mềm tự động tính số thuế phát sinh tại chỉ tiêu [C9].

Chỉ tiêu [C8], [C8a] - Thu nhập tính thuế ngành đặc thù: Dành cho các đơn vị hoạt động khai thác dầu khí hoặc tài nguyên quý hiếm áp dụng mức thuế suất riêng biệt (từ 25% đến 50%).

Chỉ tiêu [C10] - Tổng số thuế TNDN được ưu đãi, miễn giảm: Tự động tổng hợp: [C10] = [C11] + [C12] + [C13].

Chỉ tiêu [C11]: Số thuế được giảm do hưởng thuế suất ưu đãi (tổng hợp từ Phụ lục 03-3A và 03-3B).

Chỉ tiêu [C12] - Số thuế TNDN được miễn trong kỳ: Tự động tổng hợp từ cột 23 Phụ lục 03-3A, cột 24 Phụ lục 03-3B và cột 20 Phụ lục 03-3D.

Lưu ý cho Doanh nghiệp mới lập: Các DN nhỏ và vừa mới thành lập thuộc diện hưởng chính sách Miễn thuế 3 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, khi làm Phụ lục 03-3A cần tích chọn đúng mã điều kiện ưu đãi mới tại cột 5 (Mã 0270 - Doanh nghiệp SMEs trong 3 năm đầu kể từ khi cấp GCN ĐKDN lần đầu; Mã 0268 hoặc 0269 cho doanh nghiệp startup đổi mới sáng tạo). Phần mềm sẽ tự động kết chuyển tiền thuế được miễn từ cột 23 Phụ lục 03-3A lên chỉ tiêu [C12].

Chỉ tiêu [C13]: Số thuế được giảm (tổng hợp từ Phụ lục 03-3A, 03-3B, Phụ lục sử dụng lao động nữ 03-3C...).

Chỉ tiêu [C17] - Số thuế TNDN của hoạt động SXKD phát sinh: Tự động tính toán: [C17] = [C9] - [C10] - [C14] - [C15] - [C16]. Nếu kết quả âm, hệ thống tự mặc định đưa về giá trị bằng 0.

6. Nhóm Chỉ tiêu Tính Thuế Bất Động Sản & Tổng số thuế phải nộp (Mục D & E)

Chỉ tiêu [D1] đến [D8] - Xác định nghĩa vụ thuế từ chuyển nhượng BĐS: Phần mềm tự động khóa ô và lập luận công thức dựa trên số liệu thu nhập chịu thuế BĐS hạch toán ở chỉ tiêu [B15] kết hợp với Phụ lục chuyển lỗ BĐS để tính ra số thuế phát sinh cuối cùng của hoạt động BĐS tại chỉ tiêu [D8] (Thuế suất cố định là 20%, trừ dự án nhà ở xã hội hưởng ưu đãi tại chỉ tiêu [D7]).

Chỉ tiêu [E] - Tổng số thuế TNDN phải nộp trong kỳ: Công thức liên kết tự động: [E] = [E1] + [E2] + [E5].

[E1]: Số thuế hoạt động sản xuất kinh doanh phải nộp (tự động tính từ chỉ tiêu [C17] trừ đi các phần ưu đãi khác tỉnh).

[E2]: Số thuế hoạt động chuyển nhượng BĐS phải nộp (bằng tổng [E3] + [E4], tự động đối chiếu kiểm tra chênh lệch với chỉ tiêu [D8]).

[E5], [E6]: Số thuế TNDN và tiền lãi phải nộp bổ sung từ việc xử lý thu hồi Quỹ phát triển khoa học công nghệ (số liệu đồng bộ từ Chỉ tiêu [06] trên Phụ lục 03-6/TNDN sang).

7. Nhóm Chỉ tiêu Tra cứu số đã tạm nộp và Xác định chênh lệch nghĩa vụ (Mục G, H, I)

Chỉ tiêu [G] - Tổng số thuế TNDN đã tạm nộp trong năm: Hệ thống tự động tính tổng: [G] = [G1] + [G2] + [G3] + [G4] + [G5] (Khóa ô, không cho sửa tay). Kế toán tiến hành nhập liệu chi tiết vào các ô nhánh:

[G1]: Nhập số tiền thuế TNDN của hoạt động SXKD nộp thừa từ kỳ quyết toán năm trước chuyển sang bù trừ vào kỳ này.

[G2]: Kế toán tự tra cứu chứng từ ngân hàng, nhập tổng số tiền thuế TNDN của hoạt động SXKD đã thực nộp qua kho bạc của cả 4 quý trong năm (Tính dồn số tiền đã nộp tính đến hết ngày thời hạn cuối cùng nộp hồ sơ quyết toán - ngày 31/03 năm sau).

[G3]: Nhập số tiền thuế nộp thừa kỳ trước của hoạt động BĐS chuyển sang.

[G4]: Nhập tổng số tiền thuế BĐS đã tạm nộp theo quý trong năm (Không tính số tiền tạm nộp 1% của doanh thu thu tiền theo tiến độ dự án chưa bàn giao nhà).

[G5]: Nhập tổng số tiền thuế BĐS đã tạm nộp 1% từ các kỳ trước và trong năm của diện dự án thu tiền theo tiến độ chính thức được bàn giao quyết toán trong kỳ này.

Chỉ tiêu [H1], [H2], [H3] - Xác định chênh lệch phục vụ tính phạt chậm nộp: Hệ thống tự động tính số tiền chênh lệch giữa nghĩa vụ phải nộp và số thực tế đã tạm nộp trong năm của hoạt động SXKD ([H1] = E1 + E5 - G2) và hoạt động BĐS để cơ quan thuế theo dõi quản lý hạn mức phạt trần tạm nộp.

Chỉ tiêu [I] - Số thuế TNDN còn phải nộp đến thời hạn khai quyết toán thuế: Đây là chỉ tiêu cốt lõi phản ánh kết quả cuối cùng của tờ khai quyết toán thuế. Công thức tự động hiển thị: [I] = [E] - [G] = [I1] + [I2].

PHẦN III: PHƯƠNG ÁN XỬ LÝ KẾT QUẢ CHỈ TIÊU [I] VÀ THỜI HẠN NỘP

Sau khi hoàn thành việc nhập liệu, kế toán bấm nút "Ghi" để phần mềm soát lỗi logic, sau đó đối chiếu kết quả xuất hiện tại Chỉ tiêu [I] để xử lý theo 2 trường hợp:

Trường hợp 1 (Chỉ tiêu [I] ra kết quả ÂM - Số tiền nằm trong ngoặc đơn): Doanh nghiệp đã nộp thừa tiền thuế TNDN trong năm. Công ty không phải nộp thêm tiền thuế, số tiền nộp thừa này kế toán có thể làm hồ sơ xin hoàn thuế hoặc giữ nguyên trên hệ thống để bù trừ tự động vào số thuế TNDN tạm tính của các quý năm sau (Khi làm tờ khai năm sau sẽ nhập số tiền này vào chỉ tiêu [G1]).

Trường hợp 2 (Chỉ tiêu [I] ra kết quả DƯƠNG - Số tiền hiển thị thông thường): Doanh nghiệp đã nộp thiếu thuế trong năm. Đây chính là số tiền thuế TNDN thực tế công ty còn phải nộp thêm sau quyết toán vào Ngân sách Nhà nước. (Ví dụ: Chỉ tiêu [I] hiển thị dương 12.000.000đ $rightarrow$ Công ty phải lập giấy nộp tiền trích nộp thêm 12 triệu đồng).

⏰ Mốc thời hạn nộp Tờ khai và Tiền thuế:

Thời hạn tối hạn: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.

Áp dụng thực tế: Đối với các doanh nghiệp áp dụng kỳ tính thuế theo năm dương lịch (từ ngày 01/01 đến ngày 31/12), hạn chót để bấm kết xuất tờ khai dạng file XML để nộp qua mạng, đồng thời là hạn chót để nộp số tiền thuế phát sinh dương tại chỉ tiêu [I] vào ngân sách nhà nước là ngày 31/03 của năm tiếp sau năm quyết toán. Doanh nghiệp nộp chậm sau mốc thời gian này sẽ bị xử phạt chậm nộp hồ sơ và tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày theo quy định của Luật Quản lý thuế.

Hỗ trợ tất tần tật về kế toán liên hệ sđt: 098 354 25 71, địa chỉ: 35 Thái Phiên, Đà Nẵng