Hướng dẫn xử lý hóa đơn đầu vào và đầu ra bị bỏ sót mới nhất năm 2026

Trong quá trình vận hành doanh nghiệp, việc bỏ sót hóa đơn đầu vào hoặc đầu ra khi kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) là nghiệp vụ rất thường gặp. Kể từ khi Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Nghị định số 181/2025/NĐ-CP có hiệu lực, cơ quan thuế đã có những hướng dẫn phân định rất rõ ràng về kỳ kê khai đối với từng loại hóa đơn sai sót này.

Dưới đây là cẩm nang hướng dẫn chi tiết cách xử lý nghiệp vụ cho từng trường hợp để kế toán dễ dàng thực hiện và sao chép trực tiếp vào phần mềm Microsoft Word.

1. Cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

Căn cứ pháp lý áp dụng năm 2026

Theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và khoản 6 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế theo các nguyên tắc sau:

Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào kỳ phát sinh này làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó. Đồng thời, doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi tương ứng cùng tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế GTGT đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

Nguyên tắc xác định kỳ kê khai đầu vào bỏ sót

Bản chất của việc bỏ sót hóa đơn đầu vào (kê khai thiếu hóa đơn mua vào) đồng nghĩa với việc doanh nghiệp chưa ghi nhận hết quyền lợi thuế của mình.

Khi doanh nghiệp kê khai bổ sung tăng số thuế GTGT đầu vào này lên, số liệu điều chỉnh sẽ luôn dẫn tới kết quả: làm giảm số tiền thuế phải nộp của kỳ đó hoặc chỉ làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau.

Vì làm giảm tiền thuế phải nộp hoặc tăng thuế còn được khấu trừ, nghiệp vụ này hoàn toàn thuộc vào nhóm quy định thực hiện khai thuế vào kỳ phát hiện sai sót.

Quy tắc chốt cho kế toán: Trong năm 2026, nếu doanh nghiệp phát hiện ra mình kê khai sót hóa đơn đầu vào thì thực hiện kê khai trực tiếp hóa đơn đó vào tờ khai thuế GTGT của tháng hoặc quý phát hiện ra sai sót.

Ví dụ thực tế xử lý hóa đơn đầu vào bỏ sót

Công ty Kế toán Thiên Ưng thuộc đối tượng thực hiện kê khai thuế GTGT theo quý.

Vào ngày 10/07/2026 (thuộc kỳ tính thuế quý 3 năm 2026), kế toán phát hiện ra trong kỳ quý 1 năm 2026 đã kê khai sót một hóa đơn mua vào được lập ngày 20/02/2026.

Xác định thời điểm: Quý phát sinh sai sót là quý 1 năm 2026 (do hóa đơn thuộc quý 1 chưa được đưa lên tờ khai quý 1), còn quý phát hiện ra sai sót là quý 3 năm 2026 (căn cứ theo ngày phát hiện 10/07/2026).

Cách kê khai: Công ty Kế toán Thiên Ưng sẽ thực hiện kê khai trực tiếp hóa đơn đầu vào bị bỏ sót này vào tờ khai thuế GTGT chính thức mẫu số 01/GTGT của kỳ quý 3 năm 2026.

2. Cách kê khai hóa đơn đầu ra bị bỏ sót

Nguyên tắc kê khai bắt buộc đối với đầu ra

Đối với hóa đơn đầu ra xuất bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ phát sinh ở kỳ tính thuế nào thì bắt buộc cơ sở kinh doanh phải thực hiện kê khai chịu thuế vào đúng kỳ tính thuế đó.

Trường hợp doanh nghiệp tự rà soát và phát hiện ra các hóa đơn đầu ra từ các kỳ trước (tháng trước hoặc năm trước) bị bỏ sót chưa kê khai, doanh nghiệp tuyệt đối không được phép kê khai hóa đơn đó vào tờ khai của kỳ phát hiện hiện tại.

Kế toán bắt buộc phải tiến hành lập hồ sơ khai bổ sung, điều chỉnh cho tờ khai thuế GTGT của đúng kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn gốc đó để ghi nhận tăng doanh thu chịu thuế và tăng tiền thuế đầu ra tương ứng.

Ví dụ thực tế xử lý hóa đơn đầu ra bỏ sót

Vào ngày 15/07/2026 (thuộc kỳ tính thuế quý 3 năm 2026), Công ty Kế toán Thiên Ưng phát hiện một hóa đơn GTGT đầu ra số 2000 phát sinh vào ngày 20/02/2026 (thuộc kỳ quý 1 năm 2026) bị bỏ sót chưa kê khai.

Cách xử lý: Công ty Kế toán Thiên Ưng không được phép đưa hóa đơn đầu ra số 2000 này vào bảng kê bán ra hay tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3 năm 2026.

Kế toán công ty bắt buộc phải mở phần mềm HTKK, chọn trạng thái Tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế Quý 1 năm 2026 để thực hiện điều chỉnh tăng doanh thu chịu thuế và số thuế GTGT đầu ra tương ứng hiển thị trên hóa đơn số 2000. Do làm tăng nghĩa vụ thuế đầu ra của kỳ cũ, doanh nghiệp phải tự tính và nộp thêm tiền thuế chênh lệch cùng tiền chậm nộp (nếu có) vào ngân sách nhà nước.