CẨM NANG KÊ KHAI BỔ SUNG THUẾ GTGT THEO CÔNG VĂN SỐ 2546/TCT-CS

Công văn số 2546/TCT-CS của Tổng cục Thuế là văn bản nghiệp vụ quan trọng, làm rõ sự phối hợp giữa quy định xử lý hóa đơn điện tử sai sót (Nghị định 123, Thông tư 78) và nghĩa vụ khai bổ sung hồ sơ thuế theo pháp luật Quản lý thuế hiện hành.

I. THỜI ĐIỂM XÁC ĐỊNH THUẾ GTGT VÀ NGUYÊN TẮC KHẤU TRỪ

Để đảm bảo kê khai đúng kỳ tính thuế, kế toán cần bám sát thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT theo quy định tại Thông tư số 219/2013/TT-BTC:

Đối với hoạt động bán hàng hóa: Là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa.

Đối với hoạt động cung ứng dịch vụ: Là thời điểm hoàn thành việc cung ứng dịch vụ hoặc thời điểm lập hóa đơn cung ứng dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa.

Đối với xây dựng, lắp đặt (bao gồm cả đóng tàu): Là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa.

Đối với kinh doanh bất động sản, cơ sở hạ tầng: Là thời điểm thu tiền theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng.

Nguyên tắc khấu trừ thuế đầu vào: Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó. Nếu phát hiện sai sót, người nộp thuế được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở doanh nghiệp.

II. NGUYÊN TẮC XỬ LÝ HÓA ĐƠN ĐIỆN TỬ SAI SÓT (NGHỊ ĐỊNH 123 & THÔNG TƯ 78)

Khi phát hiện hóa đơn điện tử đã gửi cho người mua có sai sót về mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc quy cách hàng hóa, doanh nghiệp xử lý theo một trong hai phương án sau:

1. Phương án 1: Lập hóa đơn điện tử điều chỉnh

Hóa đơn điều chỉnh bắt buộc phải có dòng chữ: “Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm”.

Quy định về ghi giá trị: Kế toán thực hiện ghi số tiền điều chỉnh tăng (dấu dương) hoặc điều chỉnh giảm (dấu âm) đúng với thực tế điều chỉnh.

2. Phương án 2: Lập hóa đơn điện tử mới thay thế

Hóa đơn thay thế bắt buộc phải có dòng chữ: “Thay thế cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm”.

???? Thời hạn nộp Mẫu 04/SS-HĐĐT: Người bán gửi thông báo sai sót theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT đến cơ quan thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của kỳ kê khai thuế GTGT phát sinh hóa đơn điện tử điều chỉnh hoặc thay thế đó.

III. PHƯƠNG PHÁP XỬ LÝ HÓA ĐƠN GHI SAI MỨC THUẾ SUẤT

Trường hợp hóa đơn ghi sai mức thuế suất mà cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện sẽ xử lý theo các nguyên tắc nghiêm ngặt sau:

1. Đối với cơ sở kinh doanh bán hàng hóa, dịch vụ (Đầu ra)

Nếu thuế suất ghi trên hóa đơn cao hơn quy định: Phải kê khai, nộp thuế GTGT theo thuế suất cao đã ghi trên hóa đơn.

Nếu thuế suất ghi trên hóa đơn thấp hơn quy định: Phải kê khai, nộp thuế GTGT theo đúng thuế suất quy định của pháp luật.

Trường hợp giao dịch đã kết thúc (Không thể thu thêm tiền của khách): Toàn bộ số tiền đã thu trên hóa đơn sẽ bị cơ quan thuế quy đổi ngược thành giá đã có thuế theo thuế suất đúng để truy thu thuế GTGT và xác định lại doanh thu tính thuế TNDN.

Công thức xác định số thuế GTGT đầu ra đúng khi quy đổi: {(Tổng giá trị đã thanh toán / 1+ thuế suất đúng thanh toán) X thuế suất đúng quy định

2. Đối với cơ sở kinh doanh mua hàng hóa, dịch vụ (Đầu vào)

Nếu thuế suất ghi trên hóa đơn cao hơn quy định: Chỉ được khấu trừ thuế đầu vào theo đúng thuế suất quy định. Doanh nghiệp chỉ được khấu trừ theo số thuế cao nếu chứng minh được bên bán đã kê khai, nộp thuế đúng theo hóa đơn đó và phải có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý người bán.

Nếu thuế suất ghi trên hóa đơn thấp hơn quy định: Chỉ được khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất thấp ghi trên hóa đơn.

IV. QUY ĐỊNH VỀ KHAI BỔ SUNG HỒ SƠ THUẾ VÀ TIỀN CHẬM NỘP

Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế liên quan đến các hóa đơn điều chỉnh, thay thế hoặc hóa đơn bỏ sót được thực hiện chặt chẽ theo quy định của pháp luật quản lý thuế hiện hành.

1. Thời hạn và điều kiện khai bổ sung

Doanh nghiệp áp dụng quy định tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15. Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót.

Được thực hiện tự do trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở.

Nếu sai sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh kiểm tra mà làm phát sinh tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được khấu trừ/hoàn/nộp thừa, doanh nghiệp được gửi hồ sơ giải trình để cơ quan thuế rà soát và ra thông báo chấp thuận điều chỉnh.

2. Thành phần hồ sơ và nghĩa vụ tài chính

Hồ sơ khai bổ sung: Bao gồm Tờ khai bổ sung (Mẫu 01/KHBS) và Bản giải trình khai bổ sung (Mẫu 01-1/KHBS). Nếu việc khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế (số thuế phải nộp, đề nghị hoàn, khấu trừ), doanh nghiệp chỉ phải nộp Bản giải trình 01-1/KHBS, không cần nộp Tờ khai bổ sung.

Xử lý tiền chậm nộp: Trường hợp khai bổ sung làm phát sinh tăng số thuế phải nộp hoặc làm giảm số thuế đã được hoàn trả, doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp đủ số tiền thuế thiếu, tiền hoàn thừa vào ngân sách, đồng thời chịu tiền chậm nộp tính trên số ngày chậm nộp kể từ ngày kế tiếp ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế ban đầu.

Công thức tổng quát để xác định nghĩa vụ thuế GTGT của doanh nghiệp: Số thuế GTGT đầu ra - số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ