Việc trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ là giải pháp tối ưu giúp doanh nghiệp vừa có nguồn kinh phí chủ động cho hoạt động nghiên cứu, đổi mới sáng tạo, vừa giảm bớt nghĩa vụ thuế TNDN tạm thời.

Bước sang năm tài chính 2026, kế toán cần đặc biệt lưu ý sự đồng bộ giữa chính sách thuế mới (Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15, Nghị định 320/2025/NĐ-CP) và chế độ kế toán mới (Thông tư 99/2025/TT-BTC áp dụng từ 01/01/2026 thay thế Thông tư 200).

Dưới đây là cẩm nang tổng hợp và hệ thống hóa toàn bộ quy định trích lập, xử lý thuế và phương pháp hạch toán Quỹ KH&CN mới nhất.

I. CHÍNH SÁCH THUẾ TNDN VỀ QUY TRÌNH TRÍCH LẬP VÀ THU HỒI QUỶ (MỚI NHẤT NĂM 2026)

1. Hạn mức trích lập hằng năm

Doanh nghiệp được quyền chủ động tự quyết định mức trích lập hằng năm, tối đa không quá 20% thu nhập tính thuế trong kỳ để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ.

Trường hợp loại trừ: Nếu doanh nghiệp đã lựa chọn trích lập Quỹ phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số theo Nghị quyết số 198/2025/QH15 (về cơ chế đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân) thì không thực hiện trích lập Quỹ KH&CN theo Luật Thuế TNDN thông thường nữa.

2. Chế tài xử lý và thu hồi Quỹ sau 05 năm

Trong thời hạn 05 năm kể từ khi trích lập, nếu doanh nghiệp thuộc các trường hợp: không sử dụng quỹ, sử dụng không hết từ 70% trở lên, hoặc sử dụng sai mục đích, doanh nghiệp sẽ bị truy thu thuế TNDN và tính lãi. Cách xác định tiền lãi phạt được phân tách cụ thể như sau:

 

3. Nguyên tắc loại trừ chi phí kép

Do khoản tiền trích lập Quỹ đã được trừ trực tiếp khi xác định thu nhập tính thuế chịu thuế TNDN ban đầu, nên mọi khoản chi tiêu, dùng tiền từ Quỹ KH&CN để mua sắm vật tư, trả lương nghiên cứu... không được hạch toán vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN trong kỳ.

II. NGUYÊN TẮC KẾ TOÁN TÀI KHOẢN 356 THEO THÔNG TƯ 99/2025/TT-BTC

Từ năm 2026, tài khoản 356 được vận hành theo hệ thống tài khoản kế toán mới với hai tài khoản cấp 2:

TK 3561 - Quỹ phát triển khoa học và Công nghệ: Phản ánh nguồn quỹ hiện có, tình hình trích lập và số tiền mặt/tiền gửi dùng để chi tiêu trực tiếp.

TK 3562 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ đã hình thành tài sản: Phản ánh giá trị hiện có và tình hình tăng, giảm của các tài sản (TSCĐ, vật tư tồn kho, công cụ dụng cụ...) được mua sắm bằng nguồn Quỹ KH&CN.

Quy tắc bù trừ sản xuất thử nghiệm: Trường hợp dùng Quỹ để chế tạo, lắp đặt TSCĐ chạy thử hoặc sản xuất thử nghiệm, tiền thu được từ việc bán sản phẩm thử nghiệm sẽ bù trừ trực tiếp với chi phí sản xuất thử:

Nếu Thu > Chi sản xuất thử: Phần chênh lệch lãi ghi giảm Nguyên giá TSCĐ của quỹ.

Nếu Thu < Chi sản xuất thử: Phần chênh lệch lỗ ghi tăng Nguyên giá TSCĐ của quỹ.

III. HƯỚNG DẪN CÁC BÚT TOÁN HẠCH TOÁN CHỦ YẾU (THÔNG TƯ 99/2025)

1. Bút toán trích lập Quỹ hàng năm

Khi doanh nghiệp tự tính toán trích lập quỹ vào cuối năm để giảm thuế TNDN:

Nợ TK 642 - Chi phí quản lý doanh nghiệp

Có TK 3561 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ

2. Chi tiêu vật tư, dịch vụ sử dụng hết ngay cho hoạt động nghiên cứu

Nợ TK 3561 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ

Nợ TK 133 - Thuế GTGT được khấu trừ (nếu có)

Có các TK 111, 112, 331...

3. Chi tiền mua vật tư, công cụ dụng cụ nhập kho hoặc trả trước nhiều kỳ

Khi mua hàng về nhập kho hoặc treo chi phí trả trước:

Nợ các TK 152, 153, 242...

Nợ TK 133 - Thuế GTGT được khấu trừ

Có các TK 111, 112, 331...

Đồng thời, kết chuyển nguồn Quỹ sang tài khoản hình thành tài sản:

Nợ TK 3561 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ

Có TK 3562 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ đã hình thành tài sản

Khi xuất kho vật tư, công cụ hoặc phân bổ chi phí trả trước phục vụ hoạt động nghiên cứu:

Nợ TK 3562 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ đã hình thành tài sản

Có các TK 152, 153, 242...

4. Đầu tư, mua sắm Tài sản cố định bằng nguồn Quỹ KH&CN

Khi mua TSCĐ đưa vào sử dụng ngay cho hoạt động khoa học công nghệ:

Nợ TK 211, 213 - Tài sản cố định (Nguyên giá)

Nợ TK 133 - Thuế GTGT được khấu trừ (nếu có)

Có các TK 111, 112, 331...

Đồng thời chuyển nguồn: Nợ TK 3561 / Có TK 3562.

Định kỳ tính hao mòn TSCĐ hình thành từ quỹ: Do chi phí từ quỹ không được tính vào chi phí tính thuế TNDN, nên khoản hao mòn này được cấn trừ thẳng vào nguồn quỹ đã hình thành tài sản, không chạy qua TK 642:

Nợ TK 3562 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ đã hình thành tài sản

Có TK 214 - Hao mòn TSCĐ

5. Thanh lý, nhượng bán TSCĐ mua bằng Quỹ KH&CN

Bút toán 1: Ghi giảm tài sản cố định:

Nợ TK 3562 - Quỹ đã hình thành tài sản (Giá trị còn lại trên sổ sách)

Nợ TK 214 - Hao mòn TSCĐ (Giá trị hao mòn lũy kế)

Có các TK 211, 213 (Nguyên giá tài sản)

Bút toán 2: Ghi nhận doanh thu thanh lý vào thu nhập khác:

Nợ các TK 111, 112, 131

Có TK 711 - Thu nhập khác

Có TK 3331 - Thuế GTGT phải nộp

Bút toán 3: Ghi nhận các chi phí phá dỡ, hủy bỏ, môi giới thanh lý:

Nợ TK 811 - Chi phí khác

Nợ TK 133 - Thuế GTGT được khấu trừ

Có các TK 111, 112, 331

6. Chuyển tài sản của Quỹ KH&CN sang phục vụ hoạt động Sản xuất kinh doanh thông thường

Trường hợp TSCĐ được đầu tư từ Quỹ phục vụ nghiên cứu chưa hết hao mòn, doanh nghiệp quyết định chuyển giao hẳn sang cho bộ phận sản xuất kinh doanh đại trà để vận hành thương mại:

Nợ TK 3562 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ đã hình thành tài sản (Phần giá trị còn lại của tài sản)

Có TK 711 - Thu nhập khác (Kể từ thời điểm này, tài sản được trích khấu hao tính vào chi phí được trừ TNDN thông thường).

7. Điều chuyển vật tư, TSCĐ từ hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường sang cho hoạt động nghiên cứu KH&CN

Nợ TK 642 - Chi phí quản lý doanh nghiệp

Có TK 3562 - Quỹ phát triển khoa học và công nghệ đã hình thành tài sản (Hạch toán theo giá trị còn lại của TSCĐ hoặc giá trị của vật tư, công cụ dụng cụ chuyển sang).

8. Hạch toán số tiền thuế TNDN bị truy thu và tiền lãi chậm nộp (Nếu bị phạt hoàn nhập quỹ)

Khi doanh nghiệp bị cơ quan thuế ra quyết định truy thu thuế TNDN do sử dụng không hết quỹ sau 5 năm hoặc dùng sai mục đích:

Nợ TK 8211 - Chi phí thuế TNDN hiện hành (Đối với phần tiền thuế TNDN gốc bị thu hồi)

Nợ TK 811 - Chi phí khác (Đối với phần tiền lãi phát sinh hoặc tiền phạt chậm nộp)

Có các TK 111, 112, 333...

IV. QUY TRÌNH QUẢN TRỊ BÁO CÁO CỦA KẾ TOÁN

Hàng năm, cùng với thời hạn nộp Tờ khai quyết toán thuế TNDN (Mẫu số 03/TNDN), doanh nghiệp có trách nhiệm tự kê khai, báo cáo tình hình trích lập và sử dụng quỹ bằng cách lập Phụ lục Mẫu số 03-6/TNDN (Ban hành theo Thông tư 80/2021/TT-BTC) để nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Mọi dữ liệu số dư đầu kỳ, số trích lập trong kỳ (Bên Có TK 3561) và số thực chi trong kỳ (Bên Nợ TK 3561, 3562) trên tờ khai bắt buộc phải khớp đúng với sổ cái tài khoản 356 của năm tài chính đó.