Quy định về các trường hợp không được khấu trừ và cách hạch toán thuế giá trị gia tăng đầu vào

Việc phân định chính xác các khoản thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào không được khấu trừ đóng vai trò thiết yếu trong quản trị tài chính doanh nghiệp. Sai sót trong việc phân loại này không chỉ dẫn đến rủi ro bị loại chi phí khi quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) mà còn làm sai lệch nguyên giá tài sản cố định (TSCĐ).

Dưới đây là cẩm nang tổng hợp chi tiết toàn bộ các trường hợp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào cùng phương pháp hạch toán kế toán áp dụng ổn định cho năm 2026, kèm theo phần đối chiếu thời kỳ lịch sử trước năm 2025. Toàn bộ nội dung được trình bày dạng văn bản dòng mạch lạc để bạn dễ dàng sao chép trực tiếp vào phần mềm Microsoft Word.

1. Các trường hợp không được khấu trừ thuế gtgt đầu vào từ năm 2026

Căn cứ theo Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và các văn bản hướng dẫn thi hành tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu rơi vào một trong các bối cảnh sau:

1.1. Không có hóa đơn giá trị gia tăng hoặc chứng từ nộp thuế đúng quy định

Doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ của các đối tượng không có hóa đơn (như thu mua sản phẩm của cá nhân không kinh doanh).

Doanh nghiệp mua hàng của các cơ sở nộp thuế theo phương pháp trực tiếp. Các đơn vị này sử dụng hóa đơn bán hàng trực tiếp (không có dòng thuế suất và tiền thuế GTGT riêng biệt) nên không có căn cứ để kê khai khấu trừ.

Doanh nghiệp không có chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu hoặc không có chứng từ nộp thay thuế nhà thầu nước ngoài.

Lưu ý đặc biệt: Toàn bộ các hóa đơn GTGT đầu vào dù có đầy đủ hình thức nhưng được lập từ các hành vi bị nghiêm cấm tại Điều 13 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (như hóa đơn khống, mua bán hóa đơn, hóa đơn sử dụng không hợp pháp, hóa đơn xuất trong thời gian tạm ngừng kinh doanh...) đều không được chấp nhận khấu trừ.

1.2. Không đáp ứng quy định về hạn mức thanh toán không dùng tiền mặt

Các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có tổng giá trị thanh toán ghi trên hóa đơn (giá đã bao gồm thuế GTGT) từ 05 triệu đồng trở lên nhưng doanh nghiệp thực hiện thanh toán bằng tiền mặt thì hoàn toàn bị loại, không được khấu trừ thuế đầu vào.

Để được khấu trừ, doanh nghiệp bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (như chuyển khoản qua tài khoản ngân hàng của công ty, bù trừ công nợ hợp pháp, thanh toán qua bên thứ ba được chỉ định bằng văn bản rõ ràng trong hợp đồng).

1.3. Thuế đầu vào phục vụ cho hoạt động đầu ra không chịu thuế GTGT

Cơ sở kinh doanh các mặt hàng hoặc dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT (quy định tại Điều 5 Luật số 48/2024/QH15) thì không được kê khai khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào của các vật tư, chi phí phục vụ mảng này.

Trường hợp chi phí dùng chung (Nghị định 144/2026/NĐ-CP): Nếu doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, tài sản sử dụng đồng thời cho cả mảng chịu thuế và không chịu thuế mà không hạch toán riêng được, số thuế được khấu trừ phải phân bổ theo công thức dòng: Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ = Tổng số thuế đầu vào dùng chung x (Doanh thu chịu thuế GTGT / Tổng doanh thu bán ra trong kỳ).

Quy định đối với nông, thủy sản khâu thương mại (Nghị định 359/2025/NĐ-CP): Doanh nghiệp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản thô hoặc mới sơ chế cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác ở khâu thương mại thì thuộc diện không phải kê khai tính thuế đầu ra nhưng vẫn được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào. Nếu bán cho hộ kinh doanh hoặc cá nhân thì phải áp thuế suất 5%.

1.4. Doanh nghiệp lựa chọn hoặc thuộc diện nộp thuế theo phương pháp trực tiếp

Việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào chỉ áp dụng đối với cơ sở kinh doanh đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ. Do đó, các doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp trên doanh thu không đủ điều kiện thực hiện nghiệp vụ khấu trừ này.

1.5. Một số trường hợp tài sản và chi phí đặc thù khác

Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ, máy móc chuyên dùng phục vụ sản xuất sản phẩm quốc phòng, an ninh.

TSCĐ, thiết bị của các tổ chức tín dụng, ngân hàng, doanh nghiệp bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám chữa bệnh và cơ sở giáo dục đào tạo.

Máy bay, trực thăng, du thuyền không sử dụng trực tiếp cho mục đích kinh doanh vận tải, du lịch, khách sạn. Quy định này bao gồm cả thuế đầu vào của hoạt động đi thuê hoặc chi phí sửa chữa các tài sản này.

Chi phí phục vụ văn phòng Tổng công ty, Tập đoàn không trực tiếp hoạt động kinh doanh hoặc các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc (trạm xá, nhà nghỉ điều dưỡng...).

Chi phí thuê nhà cho chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý và hưởng lương trực tiếp tại Việt Nam từ hợp đồng lao động ký với cơ sở kinh doanh tại Việt Nam.

Quy định về xe ô tô dưới 9 chỗ ngồi: TSCĐ là ô tô chở người từ 09 chỗ ngồi trở xuống (trừ xe dùng cho kinh doanh vận tải, du lịch, khách sạn hoặc xe làm mẫu lái thử) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng sẽ không được khấu trừ.

2. Cách xử lý và hạch toán số thuế gtgt đầu vào không được khấu trừ

Biện pháp xử lý đối với số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ được quy định thống nhất tại Khoản 16 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP:

Nguyên tắc xử lý: Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ sẽ được kế toán tính trực tiếp vào chi phí hợp lý để tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) hoặc cộng gộp trực tiếp vào nguyên giá của tài sản cố định mua vào.

Trường hợp loại trừ tuyệt đối: Đối với số thuế GTGT của các hóa đơn mua vào từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên nhưng doanh nghiệp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (thanh toán bằng tiền mặt) thì không được khấu trừ thuế và đồng thời không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN.

Ví dụ minh họa nghiệp vụ mua xe ô tô vượt ngưỡng tại Kế Toán Thuế Đà Nẵng:

Trong năm 2026, Kế Toán Thuế Đà Nẵng mua 1 xe ô tô 5 chỗ ngồi phục vụ cho ban giám đốc đi lại công tác. Giá mua chưa có thuế GTGT ghi trên hóa đơn là 2.000.000.000 đồng, tiền thuế GTGT đầu ra tương ứng là 200.000.000 đồng. Công ty thực hiện thanh toán cho nhà cung cấp bằng hình thức chuyển khoản qua ngân hàng.

Cách bóc tách số liệu của kế toán:

Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tối đa theo định mức trị giá 1,6 tỷ đồng: 1.600.000.000 x 10% = 160.000.000 đồng. (Kế toán kê khai vào Chỉ tiêu 23 và Chỉ tiêu 25 trên Tờ khai mẫu 01/GTGT, hạch toán vào tài khoản 1332).

Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ tương ứng với phần trị giá vượt trần: 200.000.000 - 160.000.000 = 40.000.000 đồng.

Phương pháp hạch toán tài khoản kế toán: Do khoản thuế 40.000.000 đồng không được khấu trừ nhưng có chứng từ chuyển khoản ngân hàng hợp pháp, số tiền này được cộng trực tiếp vào nguyên giá TSCĐ của chiếc xe ô tô.

Ghi nhận nguyên giá xe ô tô tăng lên: 2.000.000.000 + 40.000.000 = 2.040.000.000 đồng.

3. Các trường hợp không được khấu trừ áp dụng cho thời kỳ lịch sử trước ngày 01/07/2025

Khi thực hiện rà soát, kiểm tra quyết toán hoặc điều chỉnh bổ sơ cho các kỳ tính thuế phát sinh trước ngày 01/07/2025, doanh nghiệp căn cứ theo quy định tại Điều 14 và Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC với các quy tắc đặc trưng sau:

Lỗi hình thức hóa đơn: Hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định pháp luật; hóa đơn không ghi hoặc ghi sai các chỉ tiêu bắt buộc như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán hoặc người mua dẫn đến không xác định được danh tính đối tác; hóa đơn giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hoặc hóa đơn khống không có hàng hóa đi kèm.

Ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt cũ: Thời kỳ này, hạn mức bắt buộc phải chuyển khoản qua ngân hàng đối với các hóa đơn mua vào kinh doanh là từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT), thay vì ngưỡng 5 triệu đồng như luật mới hiện hành. Nếu hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên chi bằng tiền mặt, doanh nghiệp bị loại thuế đầu vào và bị loại toàn bộ chi phí mua hàng ra khỏi chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

Quy tắc mua nhiều hóa đơn trong ngày: Nếu mua hàng hóa của cùng một nhà cung cấp nhiều lần trong cùng một ngày, mặc dù tách nhỏ mỗi hóa đơn dưới 20 triệu đồng nhưng tổng giá trị cộng gộp từ 20 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp vẫn bắt buộc phải có chứng từ chuyển khoản ngân hàng mới được chấp nhận khấu trừ.

Đầu vào dùng chung cho mảng chịu thuế và không chịu thuế: Phải thực hiện hạch toán riêng. Trường hợp dùng chung không tách biệt được thì phân bổ tạm tính theo tháng hoặc quý, cuối năm dương lịch kế toán phải lập tờ khai điều chỉnh phân bổ lại nghĩa vụ thuế đầu vào được khấu trừ cho cả năm dựa trên tỷ lệ doanh thu thực tế.

Doanh nghiệp của bạn tại Đà Nẵng hiện tại có phát sinh khoản chi mua hàng hóa nào có giá trị quanh ngưỡng 5 triệu đồng bằng tiền mặt, hoặc có chi phí dùng chung nào cần lập công thức phân bổ doanh thu theo quý để tối ưu số thuế được khấu trừ không?