Hệ thống các nguyên tắc kê khai và khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào năm 2026 đã được chuẩn hóa toàn diện. Để giúp doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ, tối ưu hóa dòng tiền và giảm thiểu rủi ro khi quyết toán, dưới đây là cẩm nang tổng hợp chi tiết toàn bộ các nguyên tắc khấu trừ hiện hành được biên tập dưới dạng văn bản dòng phân cấp, dễ dàng scannable để sử dụng trực tiếp trên Microsoft Word.

1. Căn cứ pháp lý áp dụng năm 2026

Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (có hiệu lực từ ngày 01/07/2025).

Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Luật Thuế GTGT.

Thông tư số 69/2025/TT-BTC hướng dẫn thực hiện Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Nghị định số 144/2026/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 20/06/2026).

2. Toàn bộ các nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào hiện hành

2.1. Nguyên tắc khấu trừ toàn bộ đối với hoạt động chịu thuế và tổn thất

Khấu trừ toàn bộ đầu vào: Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT được giải quyết khấu trừ toàn bộ.

Xử lý đối với hàng hóa bị tổn thất: Quy định này áp dụng cho cả số thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế bị tổn thất do thiên tai, hỏa hoạn, các trường hợp không được bảo hiểm bồi thường, hoặc hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy. Doanh nghiệp bắt buộc phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh nguyên nhân tổn thất không được bồi thường để làm căn cứ khấu trừ.

Xử lý đối với hao hụt tự nhiên: Đối với các loại hàng hóa có đặc tính bị hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển, bơm rót (nhũ xăng, dầu), doanh nghiệp được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào tương ứng với số lượng hàng hóa thực tế hao hụt không vượt quá định mức quy định. Phần tiền thuế đầu vào của số lượng hàng hóa hao hụt vượt định mức quy định sẽ không được khấu trừ.

2.2. Nguyên tắc phân bổ thuế đầu vào dùng chung (Kinh doanh hỗn hợp)

Đối với cơ sở kinh doanh vừa có mảng chịu thuế GTGT (thuế suất 0%, 5%, 8%, 10%) vừa có mảng không chịu thuế GTGT, nguyên tắc bóc tách dòng thuế dùng chung được thực hiện nghiêm ngặt theo sửa đổi tại Nghị định số 144/2026/NĐ-CP:

Bắt buộc hạch toán riêng: Kế toán phải hạch toán riêng biệt số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ (cho mảng chịu thuế) và không được khấu trừ (cho mảng không chịu thuế).

Công thức phân bổ dòng: Trường hợp không hạch toán riêng biệt được, số thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ phần trăm doanh thu theo công thức một dòng: Số thuế GTGT được khấu trừ = Số thuế GTGT đầu vào dùng chung x (Doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT / Tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ).

Xác định chỉ tiêu tổng doanh thu: Tổng doanh thu bán ra bao gồm: doanh thu chịu thuế GTGT (gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế theo quy định); doanh thu không chịu thuế GTGT; và phần giá trị gia tăng dương của hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý (loại trừ trường hợp giá trị gia tăng bị âm). Các ngành đặc thù như tổ chức tín dụng, ngân hàng, chứng khoán, bảo hiểm thực hiện xác định doanh thu theo pháp luật chuyên ngành tương ứng.

Nguyên tắc phân bổ đối với dự án đầu tư hỗn hợp: Số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản của dự án hỗn hợp được tạm khấu trừ theo tỷ lệ phần trăm doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu theo phương án sản xuất kinh doanh. Số thuế tạm khấu trừ này sẽ được điều chỉnh lại theo tỷ lệ doanh thu thực tế tích lũy trong thời gian 03 năm liên tục kể từ năm đầu tiên dự án có doanh thu. Nếu kết quả điều chỉnh làm giảm số thuế đã hoàn, doanh nghiệp phải nộp trả lại phần chênh lệch vào ngân sách nhưng không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Ví dụ minh họa nghiệp vụ phân bổ tại Kế Toán Thuế Đà Nẵng:

Trong kỳ tính thuế, Kế Toán Thuế Đà Nẵng phát sinh hai mảng hoạt động: Dịch vụ kế toán thuế (mảng chịu thuế) và dịch vụ đào tạo kế toán thực hành (mảng không chịu thuế).

Số thuế GTGT đầu vào dùng riêng cho mảng dịch vụ kế toán: 16.000.000 VND (Được khấu trừ toàn bộ).

Số thuế GTGT đầu vào dùng riêng cho mảng đào tạo: 24.000.000 VND (Không được khấu trừ).

Số thuế GTGT đầu vào của các chi phí dùng chung (tiền điện văn phòng, văn phòng phẩm): 15.000.000 VND. Dữ liệu doanh thu trong kỳ của công ty: Doanh thu từ dịch vụ kế toán là 600.000.000 VND; doanh thu từ mảng đào tạo là 400.000.000 VND. Tổng doanh thu bán ra đạt 1.000.000.000 VND.

Biện pháp phân bổ số thuế dùng chung theo công thức một dòng:

Số thuế dùng chung được khấu trừ = 15.000.000 VND x (600.000.000 VND / 1.000.000.000 VND) = 9.000.000 VND.

Tổng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ cuối cùng trong kỳ = 16.000.000 VND + 9.000.000 VND = 25.000.000 VND.

2.3. Thời điểm kê khai và nguyên tắc sửa đổi sai, sót tờ khai

Kê khai theo kỳ phát sinh: Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào (tháng hoặc quý) được thực hiện kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của chính kỳ đó, không phân biệt vật tư hàng hóa đã được xuất kho đưa vào sử dụng hay vẫn còn lưu kho. Số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết trong kỳ được chuyển thẳng sang kỳ tiếp theo để khấu trừ lũy kế.

Nguyên tắc khai bổ sung khi tự phát hiện sai, sót: Doanh nghiệp được thực hiện khai bổ sung điều chỉnh hồ sơ trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở theo hai dòng xử lý:

Trường hợp làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn: Doanh nghiệp bắt buộc phải lập hồ sơ khai bổ sung vào đúng tháng hoặc quý phát sinh sai, sót gốc; đồng thời phải tự nộp đủ số tiền thuế tăng thêm/tiền thu hồi hoàn kèm tiền chậm nộp vào ngân sách.

Trường hợp làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng/giảm số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau: Doanh nghiệp thực hiện kê khai điều chỉnh số liệu trực tiếp vào kỳ tính thuế của tháng hoặc quý phát hiện ra sai, sót hiện tại mà không cần quay lại kỳ gốc.

2.4. Khấu trừ đối với một số hoạt động và hóa đơn đặc thù

Hàng hóa dùng cho biếu, tặng, khuyến mại: Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa (gồm cả mua ngoài hoặc tự sản xuất) được doanh nghiệp dùng cho hoạt động cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo phục vụ sản xuất kinh doanh hàng chịu thuế được giải quyết khấu trừ toàn bộ.

Thuế nộp theo quyết định ấn định hải quan: Số thuế GTGT doanh nghiệp đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan Hải quan được chấp nhận khấu trừ toàn bộ, quy định này loại trừ tuyệt đối các trường hợp doanh nghiệp bị cơ quan hải quan xử phạt về hành vi gian lận, trốn thuế.

Chuyển đổi phương pháp tính thuế: Cơ sở kinh doanh chuyển từ phương pháp trực tiếp sang phương pháp khấu trừ được bắt đầu khấu trừ thuế của hàng hóa, dịch vụ phát sinh từ kỳ đầu tiên áp dụng phương pháp mới. Ngược lại, khi chuyển từ khấu trừ sang trực tiếp, số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết tại kỳ cuối cùng được tính vào chi phí tính thuế TNDN hoặc nguyên giá TSCĐ, loại trừ số hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Hàng hóa chuyển đổi đối tượng chịu thuế: Đối với các nhóm hàng hóa dịch vụ chuyển từ diện không chịu thuế sang diện chịu thuế GTGT theo luật mới, doanh nghiệp chỉ được bắt đầu kê khai khấu trừ đầu vào đối với các hóa đơn phát sinh kể từ ngày 01/07/2025 trở đi.

Các trường hợp đặc thù được khấu trừ toàn bộ: Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; thuế GTGT đầu vào sử dụng cho hoạt động tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí được khấu trừ toàn bộ.

2.5. Các trường hợp tài sản và chi phí bị loại trừ khấu trừ hoàn toàn

Doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào (bao gồm cả thuế đầu vào của hoạt động đi thuê và chi phí sửa chữa, bảo dưỡng phát sinh) đối với các tài sản sau:

Tài sản cố định, máy móc, thiết bị chuyên dùng để phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất ra các sản phẩm quốc phòng, an ninh.

Tài sản cố định, thiết bị của các đơn vị tổ chức tín dụng, ngân hàng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, doanh nghiệp kinh doanh chứng khoán, các cơ sở khám chữa bệnh và cơ sở đào tạo giáo dục.

Máy bay, trực thăng, tàu lượn dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích đăng ký kinh doanh vận tải hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch hoặc khách sạn.

Chi phí phục vụ văn phòng Tổng công ty, Tập đoàn không trực tiếp tham gia hoạt động kinh doanh hoặc các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc (bệnh viện, nhà nghỉ điều dưỡng, trường học trực thuộc tổng công ty).

Các trường hợp không đáp ứng được điều kiện về hóa đơn chứng từ, điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt (từ 05 triệu đồng trở lên) hoặc hóa đơn lập từ các hành vi bị nghiêm cấm (hóa đơn khống, mua bán hóa đơn).

Cách hạch toán phần không được khấu trừ: Được tính trực tiếp vào chi phí hợp lý khi xác định thuế TNDN hoặc cộng gộp vào nguyên giá TSCĐ, ngoại trừ các hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên thanh toán bằng tiền mặt thì bị loại hoàn toàn (không được tính vào chi phí được trừ).

3. Các nguyên tắc khấu trừ áp dụng cho một số trường hợp đặc thù (Điều 24)

Căn cứ theo Điều 24 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, việc khấu trừ thuế trong một số bối cảnh kinh tế đặc thù của doanh nghiệp được xử lý theo các nguyên tắc riêng biệt:

3.1. Đối với hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản phục vụ người lao động

Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành nên các tài sản cố định phục vụ cho người lao động nằm trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế xây dựng cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.

Trường hợp doanh nghiệp mua, xây dựng nhà ở ngoài khu công nghiệp hoặc thuê nhà ở cho công nhân làm việc trong khu công nghiệp (đáp ứng đúng các tiêu chuẩn thiết kế nhà ở công nhân theo pháp luật về nhà ở) thì số thuế GTGT đầu vào của nhà mua, nhà xây hoặc tiền thuê nhà được khấu trừ toàn bộ.

Nguyên tắc đối với chi phí chỗ ở của chuyên gia nước ngoài:

Được khấu trừ: Nếu chuyên gia vẫn là nhân viên của công ty mẹ ở nước ngoài, hưởng lương và chịu sự điều động từ nước ngoài sang Việt Nam công tác, đi kèm hợp đồng văn bản quy định rõ cơ sở tại Việt Nam chịu trách nhiệm chi trả chi phí chỗ ở.

Không được khấu trừ: Nếu chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam giữ các chức vụ quản lý, điều hành và hưởng lương trực tiếp tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký kết với chính cơ sở kinh doanh tại Việt Nam.

3.2. Đối với hình thức góp vốn bằng tài sản và nghiệp vụ ủy quyền chi hộ

Góp vốn bằng tài sản mới: Trường hợp tổ chức, cá nhân góp vốn vào doanh nghiệp bằng tài sản mới mua, chưa qua sử dụng, có đầy đủ hóa đơn hợp pháp và được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì giá trị vốn góp tính theo giá gồm thuế ghi trên hóa đơn. Bên nhận vốn góp được kê khai khấu trừ số thuế GTGT đầu vào này.

Nghiệp vụ mua hàng hóa dịch vụ ủy quyền: Doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dưới hình thức ủy quyền cho tổ chức, cá nhân khác mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền trong các trường hợp:

Doanh nghiệp bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản; tiền bồi thường thanh toán cho khách hàng có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên bắt buộc phải chuyển khoản không dùng tiền mặt.

Trước khi thành lập doanh nghiệp, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền hợp pháp cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ các khoản chi mua sắm, vật tư phục vụ việc thành lập doanh nghiệp. Doanh nghiệp được khấu trừ theo hóa đơn đứng tên người được ủy quyền và phải chuyển khoản hoàn trả đối với hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên.

Nguyên tắc đối với xe ô tô dưới 9 chỗ ngồi: Tài sản cố định là ô tô chở người từ 09 chỗ ngồi trở xuống (trừ xe dùng cho kinh doanh vận tải, du lịch, khách sạn hoặc làm mẫu lái thử) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tối đa là 160 triệu đồng (tương ứng với phần trị giá trần 1,6 tỷ đồng). Phần thuế đầu vào của giá trị vượt trên 1,6 tỷ đồng sẽ không được khấu trừ mà phải cộng trực tiếp vào nguyên giá tài sản để trích khấu hao.

Mô hình sản xuất khép kín: Cơ sở kinh doanh tổ chức mô hình sản xuất khép kín, thực hiện hạch toán tập trung, có sử dụng các sản phẩm vốn thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT luân chuyển qua các khâu nội bộ để cuối cùng sản xuất ra mặt hàng thuộc đối tượng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào phát sinh tại tất cả các khâu sản xuất phụ trợ ban đầu đều được chấp nhận khấu trừ toàn bộ.

4. Đối chiếu sự thay đổi so với giai đoạn trước ngày 01/07/2025

Khi thực hiện công tác rà soát dữ liệu kế toán cũ hoặc khai điều chỉnh bổ sung cho giai đoạn lịch sử trước ngày 01/07/2025, kế toán cần phân biệt rõ các điểm khác biệt lớn của Thông tư số 219/2013/TT-BTC so với quy định năm 2026 hiện hành:

Hạn mức thanh toán không dùng tiền mặt: Giai đoạn trước năm 2025, ngưỡng bắt buộc phải thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn mua vào là từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã có thuế). Từ năm 2026, hạn mức này đã hạ xuống mức từ 05 triệu đồng trở lên.

Cơ chế kê khai sửa đổi sai sót: Trước đây, cơ quan thuế cho phép hóa đơn đầu vào bỏ sót của kỳ nào thì được kê khai bổ sung trực tiếp vào kỳ tính thuế phát sinh sai sót hoặc kỳ phát hiện hiện tại trước khi có quyết định thanh tra. Quy định năm 2026 đã phân tách rõ: tăng thuế phải nộp/giảm hoàn thuế bắt buộc quay về kỳ gốc nộp phạt chậm nộp; chỉ ảnh hưởng số khấu trừ chuyển kỳ sau được khai tại kỳ phát hiện.

Thay đổi nhóm đối tượng đầu ra nông nghiệp: Thời kỳ trước năm 2025, các mặt hàng phân bón, thức ăn chăn nuôi, máy móc chuyên dùng nông nghiệp thuộc diện không chịu thuế GTGT, dẫn đến số thuế đầu vào dùng cho việc sản xuất các mặt hàng này doanh nghiệp không được khấu trừ. Bước sang năm 2026, các mặt hàng này đã chuyển sang nhóm chịu thuế suất 5%, doanh nghiệp sản xuất đã được quyền kê khai và khấu trừ toàn bộ số thuế GTGT đầu vào phục vụ mảng này.

Phương pháp quyết toán phân bổ dùng chung: Trước đây, Thông tư 219 yêu cầu hằng tháng/quý doanh nghiệp thực hiện tạm phân bổ, đến cuối năm dương lịch kế toán phải lập thêm một bước tính toán phân bổ lại cho cả năm để kê khai điều chỉnh. Quy định mới năm 2026 đã tinh giản, việc phân bổ thực hiện dứt điểm theo số liệu doanh thu thực tế phát sinh của từng kỳ tính thuế (tháng hoặc quý) mà không cần thực hiện bước quyết toán phân bổ lại cuối năm.

Doanh nghiệp của bạn trong kỳ này có phát sinh hóa đơn đầu vào nào bị bỏ sót từ các tháng trước, hoặc có chi phí dùng chung nào cần áp dụng quy tắc khai bổ sung và phân bổ mới của năm 2026 không?