Quy định về đối tượng áp dụng kê khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ mới nhất năm 2026

Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) là hình thức hành chính thuế phổ biến áp dụng cho các cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ. Bước sang năm 2026, việc xác định đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ được thực hiện đồng bộ theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, Luật sửa đổi số 149/2025/QH15 và Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.

Dưới đây là cẩm nang tổng hợp chi tiết đối tượng, điều kiện và phương pháp xác định dòng doanh thu áp dụng phương pháp khấu trừ, được biên tập với cấu trúc phân cấp dòng mạch lạc để bạn dễ dàng sao chép trực tiếp vào Microsoft Word.

1. Nguyên tắc tính thuế theo phương pháp khấu trừ năm 2026

Căn cứ theo Điều 11 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, nghĩa vụ thuế khấu trừ được xác định dựa trên nguyên tắc:

Công thức tổng quát: Số thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra - Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Thuế GTGT đầu ra: Bằng tổng số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn GTGT trong kỳ. Trường hợp hóa đơn ghi giá đã có thuế (hóa đơn đặc thù), tiền thuế đầu ra bằng giá thanh toán trừ đi giá tính thuế chưa có hành chính thuế.

Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ: Bằng tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thay thuế nhà thầu nước ngoài đáp ứng đủ các điều kiện khấu trừ quy định.

2. Đối tượng bắt buộc áp dụng phương pháp khấu trừ

Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng bắt buộc đối với các cơ sở kinh doanh (trừ hộ và cá nhân kinh doanh) thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và thuộc một trong các trường hợp sau:

Cơ sở kinh doanh có doanh thu hằng năm từ 01 tỷ đồng trở lên: Áp dụng cho các doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã có hoạt động sản xuất kinh doanh đạt ngưỡng doanh thu quy định.

Hoạt động dầu khí đặc thù: Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ và khai thác dầu khí do phía Việt Nam chịu trách nhiệm kê khai, khấu trừ và nộp thay thuế theo phương pháp khấu trừ.

Đơn vị chi nhánh phụ thuộc: Chi nhánh mới thành lập của doanh nghiệp đang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả chi nhánh thành lập từ dự án đầu tư), nếu thuộc diện khai thuế GTGT riêng thì được xác định phương pháp tính thuế khấu trừ đồng bộ theo doanh nghiệp mẹ.

3. Cách xác định ngưỡng doanh thu 01 tỷ đồng để áp dụng thuế khấu trừ

Căn cứ theo Điều 21 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, doanh thu làm cơ sở phân loại phương pháp tính thuế được xác định cụ thể trong từng bối cảnh hoạt động của doanh nghiệp:

3.1. Đối với doanh nghiệp đang hoạt động ổn định

Doanh nghiệp tự tổng hợp chỉ tiêu "Tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng" trên các tờ khai thuế GTGT đã nộp để làm căn cứ.

Nếu khai theo tháng: Tính tổng doanh thu từ tháng 11 năm trước đến hết kỳ tính thuế tháng 10 năm hiện tại, trước năm xác định phương pháp tính thuế.

Nếu khai theo quý: Tính tổng doanh thu từ quý 4 năm trước đến hết kỳ tính thuế quý 3 năm hiện tại, trước năm xác định phương pháp tính thuế.

Thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế sau khi xác định là 02 năm liên tục.

3.2. Đối với doanh nghiệp mới thành lập trong năm

Doanh nghiệp mới thành lập hoạt động không đủ 12 tháng trong năm dương lịch thực hiện tính doanh thu ước tính quy đổi theo công thức sau: Doanh thu ước tính cả năm = (Tổng doanh thu chịu thuế GTGT của các tháng thực tế hoạt động / Số tháng thực tế hoạt động) x 12 tháng

Nếu doanh thu ước tính đạt từ 01 tỷ đồng trở lên: Doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Nếu doanh thu ước tính dưới 01 tỷ đồng: Doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.

3.3. Đối với doanh nghiệp có thời gian tạm nghỉ kinh doanh

Trường hợp tạm nghỉ sản xuất kinh doanh trong cả năm dương lịch: Xác định phương pháp dựa theo số liệu doanh thu của năm trước năm tạm nghỉ.

Trường hợp tạm nghỉ một thời gian trong năm hoặc năm trước: Doanh thu làm căn cứ được tính quy đổi theo số tháng, quý thực tế có hoạt động sản xuất kinh doanh tương tự như công thức áp dụng cho doanh nghiệp mới thành lập nêu trên.

4. Đối tượng được đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ

Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế không đạt ngưỡng doanh thu 01 tỷ đồng vẫn được quyền đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ (không cần nộp mẫu 06/GTGT mà thể hiện trực tiếp qua biểu mẫu tờ khai nộp lần đầu) nếu thuộc các đối tượng sau:

Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hằng năm dưới 01 tỷ đồng nhưng thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách và hóa đơn.

Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của một cơ sở kinh doanh khác đang hoạt động và đang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện hoạt động đầu tư theo dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền cấp phép phê duyệt.

Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư tự phê duyệt bởi người có thẩm quyền của nội bộ doanh nghiệp (không thuộc diện bắt buộc cơ quan nhà nước phê duyệt theo luật đầu tư) có phương án đầu tư rõ ràng.

Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có phát sinh hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh hợp pháp.

Tổ chức nước ngoài có cơ sở thường trú tại Việt Nam, cá nhân nước ngoài là đối tượng cư trú có phát sinh doanh thu trên lãnh thổ Việt Nam.

Các tổ chức kinh tế khác hạch toán riêng được số thuế GTGT đầu vào, đầu ra (ngoại trừ mô hình doanh nghiệp và hợp tác xã).

5. Các điểm khác biệt cốt lõi so với giai đoạn trước ngày 01/07/2025

Khi đối chiếu quy định năm 2026 với thời kỳ lịch sử áp dụng Thông tư số 219/2013/TT-BTC, kế toán cần chú ý các điểm sửa đổi căn bản của Luật mới:

Bãi bỏ hoàn toàn phương pháp khoán thuế từ năm 2026: Đây là thay đổi lớn nhất. Căn cứ theo Luật sửa đổi số 149/2025/QH15 (có hiệu lực từ ngày 01/01/2026), Khoản 3 Điều 12 Luật số 48/2024/QH15 về phương pháp khoán thuế đối với hộ và cá nhân kinh doanh không thực hiện đầy đủ sổ sách kế toán đã chính thức bị bãi bỏ. Tất cả các đối tượng này được quản lý chuyển dịch theo các hình thức kê khai trực tiếp phù hợp.

Loại trừ tuyệt đối hộ và cá nhân kinh doanh khỏi phương pháp khấu trừ: Quy định mới năm 2026 nhấn mạnh hộ và cá nhân sản xuất, kinh doanh hoàn toàn không thuộc diện áp dụng phương pháp khấu trừ, kể cả dưới hình thức bắt buộc theo doanh thu hay hình thức tự nguyện đăng ký. Phương pháp khấu trừ hiện nay cấu trúc riêng biệt chỉ dành cho tổ chức và doanh nghiệp.

Chuẩn hóa hồ sơ tự nguyện cho doanh nghiệp mới: Nghị định 181/2025/NĐ-CP đã luật hóa chi tiết các tiêu chí minh chứng điều kiện tự nguyện áp dụng cho doanh nghiệp mới thành lập (như yêu cầu về quyết định đầu tư nội bộ, hợp đồng thuê địa điểm, chứng từ mua sắm công cụ dụng cụ ban đầu), giúp doanh nghiệp dễ dàng thiết lập hồ sơ khai thuế lần đầu mẫu 01/GTGT mà không gặp vướng mắc thủ tục với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Doanh nghiệp của bạn là đơn vị đang hoạt động hay mới thành lập, và có phát sinh dự án đầu tư nào cần bóc tách để làm cơ sở tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ trong kỳ tính thuế này không?