Cẩm nang tra cứu đối tượng, điều kiện và các trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng

Chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã có những thay đổi mang tính bản lề khi bước sang năm 2026. Để phục vụ công tác rà soát hồ sơ, giải trình và xử lý nghiệp vụ kế toán qua các thời kỳ, doanh nghiệp cần phân biệt rõ ràng quy định hiện hành và các quy định thuộc thời kỳ lịch sử trước ngày 01/07/2025.

1. Quy định hoàn thuế giá trị gia tăng áp dụng từ năm 2026

Giai đoạn này được điều chỉnh đồng bộ bởi Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, Thông tư số 69/2025/TT-BTC và đặc biệt là Nghị định số 359/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 01/01/2026).

1.1. Điều kiện bắt buộc để được hoàn thuế

Căn cứ theo Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Điều 37 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, các cơ sở kinh doanh thuộc diện được hoàn thuế phải đáp ứng đầy đủ 3 điều kiện tiên quyết sau:

Nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.

Thực hiện lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán đầy đủ theo quy định của pháp luật về kế toán.

Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng thương mại được đăng ký đồng bộ theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.

Đáp ứng đầy đủ các quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào, không thuộc các trường hợp bị loại trừ khấu trừ theo quy định pháp luật.

Lưu ý điểm mới cốt lõi từ năm 2026: Trước đây, Khoản 3 Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP từng quy định điều kiện người bán phải hoàn thành việc nộp thuế thì bên mua mới được hoàn thuế. Tuy nhiên, quy định này đã chính thức bị bãi bỏ bởi Khoản 2 Điều 1 Nghị định số 359/2025/NĐ-CP kể từ ngày 01/01/2026. Do đó, cơ quan thuế không còn ràng buộc điều kiện hoàn thuế của bên mua với trạng thái nợ thuế của bên bán tại thời điểm nộp hồ sơ.

1.2. Các trường hợp hoàn thuế cụ thể

Trường hợp 1: Hoàn thuế đối với hoạt động xuất khẩu (Điều 29 Nghị định 181)

Tiêu chí định lượng: Cơ sở kinh doanh trong tháng hoặc quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được giải quyết hoàn thuế theo tháng hoặc theo quý.

Quy định loại trừ: Không áp dụng hoàn thuế đối với các trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác (hàng tạm nhập tái xuất, kinh doanh chuyển khẩu). Quy định loại trừ này không bao gồm hàng hóa là nguyên liệu nhập khẩu phục vụ cho việc sản xuất, gia công hàng xuất khẩu.

Cơ chế phân bổ và bù trừ: Nếu doanh nghiệp vừa có hoạt động xuất khẩu vừa có tiêu thụ nội địa thì phải hạch toán riêng số thuế đầu vào của hàng xuất khẩu. Nếu không hạch toán riêng được thì phân bổ theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu chịu thuế của kỳ hoàn thuế. Số thuế đầu vào sau khi bù trừ chéo với số thuế GTGT phải nộp của hàng tiêu thụ nội địa, nếu phần còn dư từ 300 triệu đồng trở lên mới được hoàn thuế.

Giới hạn mức hoàn: Số thuế GTGT được hoàn tối đa không vượt quá 10% doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trong kỳ hoàn thuế. Phần thuế đầu vào vượt mức 10% chưa được hoàn sẽ được chuyển sang kỳ tiếp theo để khấu trừ và xác định số hoàn của kỳ sau.

Phân định đối tượng hoàn: Đối với ủy thác xuất khẩu là đơn vị có hàng hóa ủy thác; đối với gia công chuyển tiếp là đơn vị trực tiếp ký hợp đồng gia công với đối tác nước ngoài; đối với xuất khẩu vật tư xây dựng công trình nước ngoài là doanh nghiệp có hàng hóa xuất khẩu đó.

Trường hợp 2: Hoàn thuế đối với hoạt động đầu tư (Điều 30 Nghị định 181)

Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng theo luật đầu tư (bao gồm cả dự án chia theo giai đoạn, hạng mục, trừ dự án không hình thành tài sản cố định), hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư.

Cơ chế bù trừ: Số thuế GTGT đầu vào phát sinh của dự án đầu tư bắt buộc phải thực hiện bù trừ chéo với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh hiện tại của chính doanh nghiệp, chi nhánh hoặc tổ chức kinh tế mới thành lập (nếu có) trong cùng kỳ tính thuế. Sau khi bù trừ, nếu số thuế đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế.

Thời hạn nộp hồ sơ khi hoàn thành: Đối với dự án đầu tư hoặc hạng mục, giai đoạn đã hoàn thành đi vào hoạt động mà doanh nghiệp chưa làm thủ tục hoàn thuế trong giai đoạn đầu tư, doanh nghiệp phải nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế trong thời hạn tối đa là 01 năm kể từ ngày hoàn thành (ngày phát sinh doanh thu chính thức, không tính doanh thu chạy thử, doanh thu tài chính hoặc thanh lý phế liệu). Nếu quá thời hạn 1 năm, số thuế chưa hoàn sẽ phải bàn giao để kê khai, khấu trừ tiếp kỳ sau chứ không được hoàn.

Chấm dứt dự án giữa chừng: Nếu dự án đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động mà phải chấm dứt hoạt động, doanh nghiệp phải nộp trả lại toàn bộ số thuế GTGT đã được hoàn của dự án đó vào Ngân sách Nhà nước. Đối với số thuế đầu vào chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.

Quy định riêng cho ngành nghề kinh doanh có điều kiện: Doanh nghiệp được hoàn thuế dự án đầu tư nếu thuộc các trường hợp: dự án trong giai đoạn đầu tư đã được cấp giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản chấp thuận kinh doanh có điều kiện; dự án thuộc diện chưa phải đề nghị cấp giấy phép; hoặc dự án thuộc ngành nghề không yêu cầu phải có giấy phép văn bản theo luật đầu tư.

Trường hợp bị loại trừ không được hoàn dự án đầu tư: Doanh nghiệp không được hoàn thuế mà phải kết chuyển số thuế chưa khấu trừ sang kỳ sau nếu dự án đầu tư không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn; dự án thuộc ngành nghề kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đủ điều kiện hoặc bị thu hồi giấy phép trong quá trình hoạt động; hoặc dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản, sản xuất hàng hóa từ tài nguyên khoáng sản chiếm tỷ trọng lớn theo quy định.

Trường hợp 3: Hoàn thuế đối với doanh nghiệp chỉ chịu thuế suất 5% (Điều 31 Nghị định 181)

Tiêu chí áp dụng: Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế suất thuế GTGT 5%, nếu có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 04 quý liên tục thì được giải quyết hoàn thuế.

Trường hợp kinh doanh đa mức thuế suất: Nếu doanh nghiệp kinh doanh nhiều loại hàng hóa có mức thuế suất khác nhau (bao gồm cả hàng 5% khâu thương mại), kế toán phải hạch toán riêng đầu vào của hoạt động sản xuất, cung cấp dịch vụ chịu thuế 5%. Trường hợp không hạch toán riêng được thì phân bổ đầu vào dùng chung theo tỷ lệ doanh thu của hoạt động sản xuất, cung cấp dịch vụ chịu thuế 5% trên tổng doanh thu chịu thuế trong kỳ hoàn thuế để xác định số thuế được hoàn (sau khi bù trừ nếu phần còn lại từ 300 triệu đồng trở lên).

Trường hợp 4: Hoàn thuế khi giải thể, phá sản (Điều 32 Nghị định 181)

Điều kiện áp dụng: Doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ khi giải thể, phá sản được hoàn số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết (ngoại trừ trường hợp giải thể chấm dứt dự án đầu tư chưa hoạt động đã nêu tại Điều 30).

Quyền kế thừa số thuế: Trường hợp chi nhánh doanh nghiệp giải thể, hoặc tổ hợp tác chuyển đổi mô hình thành hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã thì doanh nghiệp nhận lại hoặc hợp tác xã mới được quyền kế thừa toàn bộ số thuế GTGT nộp thừa, chưa khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ hoặc hoàn thuế theo quy định.

Trường hợp 5: Hoàn thuế cho người nước ngoài xuất cảnh (Điều 33)

Áp dụng đối với người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài có hộ chiếu hoặc giấy tờ đi lại quốc tế hợp pháp, thực hiện mua hàng hóa tại Việt Nam và mang theo người khi xuất cảnh qua các cửa khẩu quốc tế (không áp dụng đối với thành viên của tổ bay hàng không hoặc đoàn thủy thủ hàng hải).

Trường hợp 6: Hoàn thuế đối với nguồn vốn ODA và viện trợ không hoàn lại (Điều 34)

Áp dụng hoàn số thuế GTGT đã trả cho hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam đối với các chủ chương trình, dự án, nhà thầu chính (bao gồm văn phòng điều hành) hoặc tổ chức được nhà tài trợ nước ngoài chỉ định quản lý dự án sử dụng nguồn vốn ODA không hoàn lại.

Áp dụng hoàn thuế đối với các tổ chức tại Việt Nam sử dụng nguồn tiền viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua sắm hàng hóa phục vụ cho chính chương trình, dự án viện trợ đó.

Trường hợp 7: Hoàn thuế đối với đối tượng hưởng miễn trừ ngoại giao (Điều 35)

Các tổ chức, cá nhân thuộc diện hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo pháp luật về ngoại giao khi mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng tại Việt Nam được hoàn lại số thuế GTGT đã trả dựa trên hóa đơn GTGT hoặc chứng từ thanh toán đã có thuế.

Trường hợp 8: Hoàn thuế theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền và điều ước quốc tế (Điều 36)

Áp dụng khi doanh nghiệp có quyết định xử lý hoàn thuế chính thức từ cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc thuộc diện hoàn thuế theo các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên ký kết.

2. Quy định hoàn thuế giá trị gia tăng thời kỳ trước ngày 01/07/2025

Giai đoạn lịch sử này được thực hiện căn cứ theo hướng dẫn tại Thông tư số 219/2013/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 130/2016/TT-BTC và Thông tư số 25/2018/TT-BTC.

2.1. Đối với hoạt động sản xuất kinh doanh nội địa thông thường

Kể từ kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với diện khai tháng) hoặc quý 3/2016 (đối với diện khai quý), cơ quan thuế đã bãi bỏ hoàn toàn quy định hoàn thuế GTGT lũy kế sau 12 tháng hoặc 4 quý liên tục đối với hoạt động kinh doanh nội địa thông thường.

Tất cả số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc quý của hàng hóa tiêu thụ nội địa chỉ được phép chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo để tiếp tục khấu trừ lũy kế vô thời hạn mà không được xét hoàn thuế.

2.2. Đối với hoạt động đầu tư

Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động: Nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế theo từng năm; nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa mua vào phục vụ đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được giải quyết hoàn thuế ngay.

Đối với doanh nghiệp đang hoạt động phát sinh dự án đầu tư cùng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương: Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai riêng thuế đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai mẫu 02/GTGT, sau đó kết chuyển số thuế đầu vào này để bù trừ với nghĩa vụ thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh hiện tại (mẫu 01/GTGT). Số tiền kết chuyển tối đa bằng số thuế phải nộp của kỳ đó. Sau bù trừ, nếu số thuế đầu vào dự án đầu tư còn dư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế; nếu nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển sang kỳ sau.

Đối với dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố khác tỉnh nơi đóng trụ sở chính: Dự án đang trong giai đoạn đầu tư chưa hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh và chưa đăng ký thuế thì trụ sở chính lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư, thực hiện kết chuyển bù trừ chéo với hoạt động sản xuất kinh doanh của trụ sở chính. Nếu sau bù trừ số thuế đầu vào dự án còn dư từ 300 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế tại tỉnh nơi đóng trụ sở chính. Nếu doanh nghiệp thành lập Ban quản lý dự án hoặc chi nhánh tại tỉnh khác có con dấu, mã số thuế và tài khoản ngân hàng riêng thì Ban quản lý dự án/chi nhánh lập hồ sơ khai thuế và xin hoàn thuế riêng biệt tại cơ quan thuế địa phương nơi có dự án.

2.3. Đối với hoạt động xuất khẩu

Doanh nghiệp trong tháng hoặc quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm cả hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu vào khu phi thuế quan hoặc xuất khẩu ra nước ngoài) nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế theo tháng hoặc quý.

Trường hợp vừa có xuất khẩu vừa có tiêu thụ nội địa: Phải hạch toán riêng đầu vào cho xuất khẩu, nếu không hạch toán riêng được thì phân bổ theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu của các kỳ khai thuế tính từ kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hiện tại. Số thuế đầu vào của xuất khẩu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp của tiêu thụ nội địa, nếu phần còn dư từ 300 triệu đồng trở lên mới được hoàn, mức hoàn không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ.

Đối tượng hoàn xuất khẩu thời kỳ này bao gồm cả trường hợp hàng hóa xuất khẩu tại chỗ theo chỉ định của thương nhân nước ngoài.

2.4. Đối với trường hợp giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động

Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ được hoàn thuế khi chuyển đổi sở hữu, sáp nhập, chia tách, giải thể, phá sản có số thuế nộp thừa hoặc chưa khấu trừ hết.

Trường hợp doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động mà phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động và chưa phát sinh thuế đầu ra của hoạt động kinh doanh chính: Doanh nghiệp không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn trước đó. Doanh nghiệp chỉ cần thông báo bằng văn bản cho cơ quan thuế. Sau khi hoàn tất thủ tục pháp lý giải thể chính thức, đối với số thuế đã hoàn thực hiện theo luật phá sản, quản lý thuế; đối với số thuế chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế. Nếu doanh nghiệp chấm dứt hoạt động (không theo thủ tục giải thể, phá sản) và không phát sinh đầu ra chính thì phải nộp trả lại toàn bộ số thuế đã hoàn vào Ngân sách Nhà nước.